12 tahun silam, peristiwa Daybreak Town mengubah dunia dan mendorong kemajuan yang mengarah pada pengembangan kecerdasan buatan. Namun, bagaimana bila semua itu berubah? Sougo Tokiwa mengakhiri pengembaraannya mencari kekuatan, setelah memutuskan untuk memulai ulang keadaan dunia, dan menjalani kehidupan yang biasa-biasa saja. Namun, saat seorang Time Jacker mulai mencoba mengubah sejarah lagi, Sougo terdorong mengenakan lagi jubahnya sebagai Kamen Rider Zi-O sekali lagi, seiring pertemuannya dengan Aruto Hiden, sang Native Rider dari dimensi yang harus ia selamatkan. Inilah kisah dua Kamen Rider dari dua dimensi berbeda, perjuangan keduanya bersama-sama akan menentukan takdir semua semesta. 12 years ago, the Daybreak Town Accident changed the world and brought forth a new prosperity towards artificial intelligence. But what if that were to all change? Sougo Tokiwa gave up his conquest for power after he chose to reset the world and live a mundane life. However as a Time Jacker began to alter history once again, Sougo is forced to take up the mantle as Kamen Rider Zi-O once again, as he meets Aruto Hiden, the native Rider of the world he has to save. This is the story of two Kamen Riders from two different worlds, whose fight together will ultimately determine the fate of all reality.