Dengan pendekatan observasional, Pesantren mengajak penonton untuk menyelami kehidupan para penghuni Pondok Kebon Jambu Al-Islamy, melalui kisah dua santri dan dua guru muda. Bibah adalah santri yang kemudian menjadi guru. Sejak kehadirannya, kehidupan kesenian di asrama putri sangat berkembang. Tetapi, setelah tujuh tahun tinggal di pondok itu, dia ingin mengejar salah satu mimpinya, yaitu meraih gelar master di bidang komunikasi. Dul Yani adalah juara bertahan kompetisi tahunan stand-up comedy di sekolah itu. Dibalik usahanya menjadi komika, dia menyimpan kesedihan karena ditinggal ibunya untuk bekerja di Arab Saudi sejak dia lahir. Dika, santri senior yang terpilih menjadi kepala kamar, akan dikirim untuk mengabdi di masyarakat selama sebulan. Diding, guru muda yang suka mengajar topik yang dianggap kontroversi. Melalui adegan yang intim dan hangat, film ini memberi kekuatan kepada anak-anak muda yang menjadi subyek film ini sehingga mereka mampu menceritakan kisah mereka sendiri. Kita bisa belajar banyak dari guru-guru maupun pelajar dalam film ini, apapun kepercayaan atau identitas kita.